Retenue prisonnière par des pirates dans un dirigeable, la jeune Sheeta saute dans le vide en tentant de leur échapper. Elle est sauvée in extremis par Pazu, un jeune garçon travaillant dans une cité minière. Les pirates leur donnent la chasse. Au terme d'une course-poursuite effrénée, Sheeta se confie à Pazu, lui avouant qu'elle est la descendante des souverains de Laputa, la cité mythique située dans les airs. Elle est par conséquent la seule détentrice du secret de Laputa que le chef des armées, le cruel Muska, cherche à percer...