Link se réveille d'un sommeil de 100 ans dans un royaume d'Hyrule dévasté. Il lui faudra percer les mystères du passé et vaincre Ganon, le fléau. L'aventure prend place dans un gigantesque monde ouvert et accorde ainsi une part importante à l'exploration. Le titre a été pensé pour que le joueur puisse aller où il veut dès le début, s'éloignant de la linéarité habituelle de la série.