LEGO Marvel Super Heroes propose un scénario original mettant en scène la grande famille Marvel. Les joueurs pourront incarner Iron Man, Spider Man, Hulk, Captain America, Wolverine et bien d’autres encore afin de tenter d’arrêter Loki ainsi qu’une foule d’autres Vilains Marvel, planifiant d’assembler une arme ultime pour contrôler la Terre. Les joueurs devront partir en quête de Comic Bricks à mesure qu’ils parcourent LEGO New York et visitent des lieux iconiques de l’univers Marvel comme la Tour Stark, l’Astéroïde M, une base Hydra abandonnée et le Manoir X.