Dans les eaux tropicales de la Grande Barrière de corail, un poisson-clown du nom de Marin mène une existence paisible avec son fils unique, Nemo. Redoutant l'océan et ses risques imprévisibles, il fait de son mieux pour protéger son fils. Comme tous les petits poissons de son âge, celui-ci rêve pourtant d'explorer les mystérieux récifs. Lorsque Nemo disparaît, Marin devient malgré lui le héros d'une quête unique et palpitante...