L'agent du FBI Dale Cooper a effleuré bien des mystères de la petite ville de Twin Peaks mais il recherche encore qui est le meurtrier de Laura Palmer. Le puissant Ben Horne dirige aussi une maison très spéciale, le "Jack-n'a-qu'un-Oeil" où, a son insu, sa fille a été engagée. Mais le tueur va faire une nouvelle victime et il faudra à Cooper un peu de magie pour découvrir son identité. Certains disparus vont ressurgir et d'autres habitants vont sombrer dans la folie...