Même si le mystère de la mort de Laura Palmer est maintenant résolu, l'agent spécial Dale Cooper reste à Twin Peaks car son ennemi juré Windom Earle va bientôt frapper. De plus, des responsables du "Jack-n'a-qu'un-Oeil" ont bien l'intention de se venger de lui. Pendant ce temps, les habitants de la petite ville traversent tous des périodes difficiles...