L'agent secret Ethan Burke est envoyé en mission à Wayward Pines où il doit enquêter sur la disparition de deux agents fédéraux : Bill Evans et Kate Hewson, son ancienne partenaire. Mais plus son enquête avance, plus il semble s'éloigner de sa propre vie. Jusqu'au jour où il prend conscience que la petite ville n'est pas aussi lisse et parfaite qu'il n'y paraît... Et qu'il pourrait bien ne jamais la quitter en vie...