L'humanité navigue dans de gigantesques navires spatiaux aux confins de l'espace depuis mille ans car les Gaunas, de très loin supérieurs à l'humanité, ont détruit la Terre et poursuivent les survivants sans relâche. Tanikaze Nagate, né sur le navire Sidonia, est recruté pour piloter une sentinelle, une arme révolutionnaire mise au point pour lutter contre les Gaunas.