Treize ans avant que Thomas entre dans le Labyrinthe, une éruption solaire a frappé la Terre. Mark et Trina ont survécu à la catastrophe. Mais cette terrible épreuve n'est rien comparé à ce qui les attend. Une étrange épidémie se répand aux États-Unis, elle frappe de folie les individus qu'elle atteint. Pire, elle met en danger jusqu'à l’existence de la race humaine. Convaincus qu'il existe un moyen de sauver les malades, Mark et Trina sont bien décidés à le trouver... s'il parviennent à rester en vie. Dans ce monde dévasté, certains préfèrent tuer pour que personne ne découvrent la vérité.