Livrés à eux-mêmes suite à l'attaque des Estres ayant changée Miss Peregrine en oiseau, Jacob et les enfants particuliers échouent sur une rive de Grande-Bretagne, en 1940. En fuyant leurs ennemis, les enfants trouvent refuge dans une boucle temporelle où vivent d'étranges animaux qui leur révèlent qu'une Ombrune, Miss Wren, aurait le pouvoir de redonner à leur directrice sa forme humaine.