La révolte programmée des Epiphaniens contre les humains est noyée dans un bain de sang. Ceux qui n'ont pu fuir sont parqués dans des camps et mis à mort. Bee et Koji sont sauvés in extremis par le père de ce dernier. C'est alors qu'est lancée la Deuxième vague et, avec elle, le déferlement des Lithos et des Organics, des géants conçus pour une destruction massive.