Paddington est heureux, bien installé dans sa nouvelle famille à Londres, où il est devenu un membre populaire de la communauté locale, répandant la joie comme de la marmelade partout là où il va. A la recherche du cadeau parfait pour le 100e anniversaire de sa chère Tante Lucy, Paddington tombe sur un livre animé exceptionnel dans la boutique d'antiquités de Monsieur Gruber, et se met à multiplier les petits boulots dans le but de pouvoir l'acheter. Mais quand le livre est soudain volé, Paddington est accusé à tort et incarcéré. Convaincue de son innocence, la famille Brown se lance dans une enquête pour retrouver le coupable...