L'histoire se déroule à Cheesebridge, une ville huppée de l’époque victorienne, dont la principale préoccupation est le luxe, la distinction et la crème des fromages les plus puants. Sous le charme de ses rues pavées, se cachent les Boxtrolls, d’horribles monstres qui rampent hors des égouts la nuit pour dérober ce que les habitants ont de plus cher : leurs enfants et leurs fromages. C’est du moins la légende à laquelle les gens de Cheesebridge ont toujours cru. En réalité les Boxtrolls sont une communauté souterraine d’adorables et attachantes créatures excentriques qui portent des cartons recyclés comme les tortues leur carapace. Les boxtrolls ont élevé depuis le berceau un petit humain orphelin, OEuf, comme l’un des leurs. Ils deviennent soudainement la cible d’un infâme exterminateur, Archibald Trappenard, qui voit dans sa disposition à éradiquer les trolls son ticket d’entrée au sein de la bonne société de Cheesebridge...