1964, une école catholique dans le Bronx. Tout oppose Soeur Aloysius, directrice de l'établissement, autoritaire et exigeante, au père Flynn, dynamique et charismatique. Sur la foi d'un témoignage confus de la douce Soeur James, Soeur Aloysius se convainc que le prêtre porte un intérêt trop marqué envers le premier élève afro-américain admis dans l'établissement. Déterminée à faire renvoyer ce prêtre, aux méthodes qu'elle désapprouve, celle-ci se lance dans une croisade personnelle pour faire éclater ce qu'elle pense être la vérité.