Mayak, complexe nucléaire en Russie. Au cœur de la nuit, un commando tchétchène fait irruption dans l'un des entrepôts du site et s'enfuit avec deux cargaisons d'uranium hautement enrichi. Tomas Noronha est en vacances lorsque Frank Bellamy, directeur des Sciences et de la Technologie de la CIA, prend contact avec lui. Le cryptologue portugais doit les aider à déchiffrer un message d'Al-Qaïda qu'ils ont intercepté et qui pourrait être une menace planétaire. Quarante ans plus tôt, en Egypte, Ahmed est un jeune garçon pieux et particulièrement brillant. En grandissant, il se lie d'amitié avec un professeur charismatique qui lui présente un nouvel Islam, celui du djihad et de la guerre contre les infidèles. Il suivra alors le chemin de la radicalisation, qui va le conduire très loin...