Cyclope et Emma Frost, les nouveaux directeurs de l’Institut pour Jeunes Surdoués de Charles Xavier, reforment les X-Men et ont pour objectif de surprendre le monde entier. Tandis qu’un gène mutant vient d’être identifié, des mouvements protestataires se multiplient pour que soit créé un traitement. Les X-Men vont alors affronter Ord puis assister au retour d’un allié disparu et à l’apparition d’une redoutable ennemie.